Alien Phobia on yksinkertainen yksiruutuinen ammuntapeli, jossa pelaajan tavoitteena on tuhota mahdollisimman monta ruudulle ilmestyvää avaruusolentoa. Pelaaja liikkuu eteenpäin ylös-nuolinäppäimellä, kääntyy vasemmalle ja oikealle nuolinäppäimillä sekä ampuu enter-näppäimellä. Tulittaminen onnistuu jatkuvasti enteriä painamalla.
Peli sisältää rajattomasti ammuksia käyttävän peruspistoolin, mutta joskus tapetun avaruusolennon jälkeen voi jäädä liekinheitin, joka tehostaa tuhoamista. Liekinheittimen ammukset ovat kuitenkin rajalliset, ja niiden loputtua pelaaja palaa käyttämään peruspistoolia. Pelaajan terveys vähenee, kun avaruusolento osuu häneen, ja pelin loppuessa pelaaja voi mahdollisesti syöttää nimensä pistelistalle.
Pelin päättyessä ratkaiseva tekijä on tuhottujen avaruusolentojen määrä. Alien Phobiassa on korkea-asteinen pelattavuus, jossa lopulta pelaaja joutuu ylivoiman alle. Pelissä on olennaista reagoida nopeasti ja hallita hyvin rajalliset toiminnot tehokkaasti.