Commander: Conquest of the Americas yhdistää kaupankäynnin ja strategiapelien elementtejä, houkutellen laajaa pelaajakuntaa. Pelaajat ottavat ohjakset yhdestä monista eurooppalaisista suurvalloista, jotka tavoittelevat Uuden maailman valloitusta 1500-luvulta alkaen. Jokaisella kansakunnalla on omat vahvuutensa ja heikkoutensa, jotka vaikuttavat pelaajan strategisiin valintoihin.
Uusien siirtokuntien perustaminen ja niiden kukoistaminen ovat avain menestykseen pelissä. Resurssien hallinta ja tuotannon optimointi siirtokunnissa ovat keskeisiä tehtäviä, ennen kuin tavarat voidaan kuljettaa muihin siirtokuntiin tai takaisin Eurooppaan. Pelaajat kohtaavat matkallaan sekä kilpailijoita että alkuperäiskansoja, jotka voivat olla joko liittolaisia tai vihollisia, riippuen pelaajan päätöksistä.
Meritaistelut pelissä ovat yksityiskohtaisia ja taktisella tasolla haastavia. Pelaajat voivat komentaa aluksiaan reaaliaikaisen strategiapelin (RTS) mukaisesti tai ottaa suoran ohjauksen itse. Taistelut voivat käydä jopa 30 aluksen kesken erilaisissa ympäristöissä. Peli kattaa alueita Karibialta Hudsoninlahdelle, ja siinä on kaksi erilaista ohjaustilaa meritaisteluja varten.
Pelaajien on vuorovaikutettava sekä eurooppalaisten suurvaltojen että alkuperäiskansojen kanssa. Tämä monipuolinen peli tarjoaa seitsemän erilaista eurooppalaista fraktiota, joista valita. Kunkin fraktion hallintaan kuuluu siirtokuntien resurssien, tuotannon ja sotilaallisten voimavarojen hallinta. Tämä laajentaa pelin strategista syvyyttä ja tarjoaa lukuisia tapoja saavuttaa voitto Uudessa maailmassa.
