Pelissä ”Control Resonant” astutaan Dylan Fadenin, entisen Federal Bureau of Controlin (FBC) vangin, rooliin. Pian selviää, että Dylanin taistelu mystistä kosmista entiteettiä vastaan muuttaa todellisuuttamme. Faden pyrkii hallitsemaan uusia voimiaan, kun hän kohtaa Manhattanissa vaikuttavia erilaisia uhkia, mukaan lukien kaaosta levittävän Hissin ja Mold-mikro-organismin.
Pelaajat seuraavat Dylanin matkaa, jossa hän yrittää ymmärtää yliluonnollisten kykyjensä täyttä potentiaalia ja etsiä sisartaan, Jesse Fadenia, FBC:n johtajaa. Manhattanin alueet ovat muuttuneet entistä vaarallisemmiksi ja pelaajien tehtävänä on navigoida näissä muunnellun todellisuuden paikoissa.
Pelin edetessä Dylan paljastaa hahmojen ja entiteettien motiiveja tuhoutuneessa Manhattanissa. Pelaajat opettelevat hallitsemaan Dylanin voimia sekä tekevät valintoja, jotka määrittävät, miten nämä kyvyt kehittyvät. Hahmonkehitysjärjestelmä tarjoaa mahdollisuuksia sopeuttaa Dylan kohtaamaan erilaisia vaaroja. Kun Dylanin voimat kasvavat, pelaajat voivat hyödyntää ympäristöä ja dynaamista Aberrant-asetta, joka muuntautuu tarpeen mukaan eri taistelutilanteissa.
Peli tarjoaa laajan tutkimusympäristön, jossa Manhattan on kosmisen voiman muuttama. Tämä ympäristö rikkoo luonnonlakeja ja uudelleenjärjestää todellisuutemme geofysikaaliseksi painajaiseksi. Pelaajat kokevat dynaamisia ja mielenkiintoisia paikkoja, jotka avaavat uusia ulottuvuuksia sekä vievät heidät materiaalisen maailman ja Dylanin mielen sisäisen metafyysisen tilan rajalle.
