Fallen Ninja on suuren mittakaavan roolipeli, jossa pelaajan tehtävänä on löytää ja päihittää Mordenai-niminen pahis kullakin tasolla. Mordenai johtaa voimakasta armeijaa ja käyttää erikoishyökkäyksiin muun muassa maagista miekkaa ja kallokohinaa, vaikka onkin itse heikentynyt. Pelissä on kymmenen erilaista karttaa, jotka sisältävät muun muassa metsiä ja luolastoja. Jokaisen tason päätteeksi pelaaja voi kerätä aarrearkun ja suorittaa tason, kun Mordenai on voitettu ja maaginen portti katoaa.
Pelin varustevalikoimaan kuuluu miekkoja, kilpiä ja jousia, joilla on käytössä sekä tavallisia että räjähtäviä nuolia. Jokaisella tasolla pelaajalla on käytössään 20 tavallista nuolta ja kahdeksan räjähtävää nuolta sekä 20 terveysjuomaa, joilla voi palauttaa terveyttään. Jos pelaaja kuolee, taso tulee aloittaa alusta. Lisäksi jokaisella tasolla on piilotettu sininen kristalli, jonka löytäminen tuo pelaajalle Steam-saavutuksen. Pelaaminen ja tasojen suorittaminen tuovat myös muita saavutuksia.
Fallen Ninja tarjoaa haasteita ja seikkailuja niin taistelun ystäville kuin aarteenetsijöillekin. Pelin tavoitteena on voittaa Mordenai ja hänen armeijansa, palauttaa varastetut aarrearkut ja löytää salaiset siniset kristallit.
