Final Duelin tavoitteena on tuhota vastustajan alus ennen kuin hän ehtii tuhota sinun aluksesi. Erikoisaseiden ammuksia, aseiden päivityksiä ja aluksen korjauksia voi kerätä pelin aikana bonuksina. Ruudun yläreunassa on neljä palkkia, jotka kertovat aluksesi tilan. Ylin sininen palkki kuvaa aluksen energiaa, joka loppuessaan johtaa pelihahmon kuolemaan.
Spaceship Setup -valikossa valitaan pelaajan avaruusalus. Alusta voi vaihtaa oikealla ja vasemmalla nuolinäppäimellä, ja erikoisaseen vaihtaminen tapahtuu ylös- ja alas-nuolilla. Kun kaikki valinnat on tehty, peli käynnistetään tulitusnäppäintä painamalla.
Aluksissa on erilaisia ominaisuuksia, kuten luokka, tykistö, panssari, kiihtyvyys ja ohjattavuus. Aluksen luokka voi olla esimerkiksi Fighter, Gunship tai Scout, ja tykistön taso vaikuttaa siihen, kuinka nopeasti aseiden energia latautuu. Panssarin paksuus vähentää vahinkoa, mutta tekee aluksesta hitaamman. Kiihtyvyys määrittää aluksen nopeuden, ja ohjattavuus vaikuttaa aluksen kykyyn väistellä vihollisen ammuksia.
Aseet ovat pelissä keskeisessä roolissa, ja niitä on useita erilaisia. Esimerkiksi Mass Blaster tekee paljon vahinkoa, mutta on vaikea osua. Spreadfire on helppokäyttöinen ja tehokas lähietäisyydeltä. Guided Mines ja Heat Seeker -aseet seuraavat vihollista, mutta voivat olla vaarallisia myös käyttäjälleen.
Bonuksia keräämällä voi parantaa aseiden ja aluksen suorituskykyä. Esimerkiksi Dual Cannon lisää alukseen kaksi lisätykkiä, mikä kolminkertaistaa tulivoiman. Turbo Booster tuplaa aluksen kiihtyvyyden, ja Repair System korjaa alusta automaattisesti 30 sekunnin ajan. Lisäksi pelissä on erilaisia ammuksia ja satunnaisia erikoisaseita tarjoavia bonuksia.
Pelin aikana voi hyödyntää erilaisia taktiikoita. Jos vihollinen seuraa sinua, miinan pudottaminen voi olla tehokas keino. Kun vihollinen ei liiku, voit pudottaa miinoja hänen aluksensa päälle. Lisäksi, jos vihollisen alus on suuri ja hidas, kannattaa tehdä nopeita hyökkäyksiä täydellä aseenergialla. Jos taas vihollisen alus on nopea, on tärkeää tuhota se mahdollisimman pian ennen kuin hän ehtii kerätä kaikki bonukset.
Pelin edetessä aseiden ja alusten päivittäminen on avainasemassa voiton saavuttamiseksi. Erityisesti Laser Guidance -bonus tekee pääaseestasi tarkemman, mikä voi olla ratkaisevaa taistelun voittamisessa. Lopulta strategian ja taitojen yhdistelmä määrittää, kuka selviää taistelukentältä voittajana.