Merge Gardens -pelissä pääset sukeltamaan Daisy-nimisen hahmon elämään, joka yllättäen perii kadonneen enonsa mystisen tilan. Daisy ei alun perin edes tiennyt enonsa omistavan tällaista paikkaa ja hänen ensisijainen suunnitelmansa oli muuttaa tila myyntikuntoon. Pelin edetessä hän kuitenkin huomaa, että vanhassa kartanossa ja sen ympäröivässä puutarhassa tapahtuu outoja ja salaperäisiä asioita, jotka saavat hänet muuttamaan suunnitelmiaan.
Pelissä pelaaja kunnostaa ja laajentaa puutarhaa, selvittää vanhan tilan salaisuuksia ja kohtaa erikoisia olentoja. Alueen kunnostaminen alkaa pienestä palstasta kartanon edestä, ja jatkuu syvemmälle salaisuuksia täynnä oleviin puutarhan osiin. Voit kerätä harvinaisia olentoja, jotka tuovat eloa puutarhaasi ja avaavat uusia alueita tutkittavaksesi.
Pelin pulmatehtävät perustuvat merge- ja yhdistä 3 -tyyppisiin puzzleihin, joissa yhdistellään samanlaisia kappaleita luoden niistä uusia, entistä arvokkaampia esineitä. Pelaajan tulee ratkaista satoja tasoisia pulmia, joilla on erilaisia 3D-kappaleiden yhdistämisiä, räjäytyksiä ja muita haasteita. Jokaisen tason suorittamisesta saa palkintoja, jotka edistävät puutarhan kehitystä ja kertovat samalla tarinaa, joka ulottuu vuosien taakse Daisyn esivanhempien elämään.
Kartanon puutarha, Myrtlegrove, kätkee sisäänsä eriskummallisia kasveja ja ihmisenmuotoisia pensaita, jotka peittävät maan näyttävästi. Pelaajan tehtävänä on auttaa Daisyä selvittämään, miksi hänen äitinsä katkaisi yhteydet sukuunsa ja mitä salaisuuksia Myrtlegroven mailla piilee. Tämän prosessin aikana pelaajalla on mahdollisuus löytää oma sisäinen viherpeukalonsa ja paljastaa tarina, joka on piilossa puutarhan uumenissa.
