Poly Universe -peli vie pelaajat kaukaiselle planeetalle, jossa pieni joukko uudisasukkaita yrittää rakentaa uutta sivilisaatiota. Sinä olet heidän johtajansa, ja kohtaat haasteita, jotka vaihtelevat kaukaisimpien avaruuden kolkkien vaarallisista olennoista rajallisen tilan strategiseen hyödyntämiseen. Pelissä on tärkeää tasapainottaa teollisuus- ja asuinrakennukset, jotta kansalaiset pysyvät tyytyväisinä ja turvassa.
Poly Universe tarjoaa monia pieniä, mutta lukuisia maailmoja. Kaupunkien asettelu on tehtävä huolellisesti, sillä jokaisen maailman tila on rajallinen. On myös ratkaisevaa, ettei puolustusta unohdeta, sillä vaarat voivat iskeä koska tahansa ja täydellä voimalla. Kauppa reittien luominen planeettojen välille mahdollistaa resurssien jakamisen ja erikoistumisen, mikä auttaa sivilisaatiotasi laajenemaan yhä kauemmas.
Vaikka sivilisaation laajentaminen ja kehittäminen on keskeistä, kansalaisten terveyden, onnellisuuden ja koulutuksen seuraaminen on yhtä tärkeää. Uudisasukkailla ei ole paikkaa, josta saada täydennystä, joten heidän hyvinvointinsa on tärkein resurssisi. Näillä avaruuden äärirajoilla jokainen päätös ja jokainen rakennettu rakenne voi määrittää sivilisaation tulevaisuuden.
