Puupeli 2 on selviytymispeli, jossa pelaajan tehtävänä on kerätä rahaa 50 000 dollarin velkataakan maksamiseen kasvattamalla ja myymällä mäntyjä sekä koivuja. Pelin alussa pelaajalla on käytössään vain kirves, tontti keskellä erämaata ja päällä olevat vaatteet, kun taas kaikki muu omaisuus on mennyt ulosmittauksessa. Tavoitteena on päästä takaisin normaaliin elämään keräämällä tarvittava summa puunkaadosta.
Pelimekaniikka perustuu päiväsykleihin, joiden aikana puusto kasvaa. Puiden kaataminen tapahtuu pitämällä hiiren kursoria niiden päällä, ja vain täysikasvuiset männyt ja koivut tuottavat arvokkaita tukkeja – muista puista saadaan ainoastaan polttopuuta. Tukkipino vetää kymmenen tukkia kerrallaan, ja ylimenevät päätyvät polttopuiksi. Pelaajan täytyy huolehtia siitä, että puut eivät kasva liian tiiviisti, sillä tällöin niiden kehitys pysähtyy. Poikkeuksen muodostavat kuuset ja katajat, jotka kasvavat tiheämmässäkin metsikössä ja kannattaa poistaa arvokkaamman puuston tieltä. Jos puuta ei saada kaadettua saman päivän aikana, se toipuu seuraavaan aamuun mennessä, mutta ei kuitenkaan kehity ennen seuraavaa päiväjaksoa.
Pelin edetessä pelaaja voi hankkia kehittyneempiä työkaluja kuten sahoja ja moottorisahoja, joista jälkimmäinen vaatii polttoainetta toimiakseen. Metsästys tuo lisäresursseja, sillä eläimet tarjoavat ruokaa kun ne havaitaan ja ammutaan – tähän tarvitaan panoksia. Eläinten määrää on tasapainotettava: liiallinen metsästys johtaa sakkoihin tai jopa vankilatuomioon, kun taas riittämätön populaation hallinta aiheuttaa vahinkoja metsälle. Polttopuiden ja ruoan loppuminen merkitsee pelin päättymistä. Pelissä on käytössä vain yksi tallennuspaikka, joka poistetaan pelaajan kuollessa, mikä estää toistuvaan tallentamiseen ja lataamiseen perustuvan pelitavan.
