Stratogun edustaa nopeatempoista arcade-tyylistä toimintaa, jossa pelaajan tehtävänä on selviytyä alati vaikeutuvissa vihollisaalloissa. Pelissä yhdistyvät klassisista kolikkopeliautomaateista inspiroituneet visuaaliset elementit ja nykyaikainen toteutus. Pelimaailman keskiössä on niin sanottu Red Orbit, jossa pelin taistelut käydään.
Pelaaja ohjaa avaruusalusta, jolla hän taistelee vihollisaaltoja vastaan. Pelin ohjaustuntuma on suunniteltu tarkaksi ja reagointia vaativaksi. Pelikierrosten aikana kerätyt pisteet muunnetaan kokemuspisteiksi, joiden avulla avataan uusia aluksia, aseita ja varusteita. Näiden avaaminen tapahtuu pelin edetessä, ja niillä voi vaikuttaa selviytymisen mahdollisuuksiin myöhemmissä vaiheissa. Tulostaulujen avulla pelaajat voivat vertailla suorituksiaan muiden kanssa.
Pelin graafinen ilme perustuu wireframe-tyyliin, joka muistuttaa 1980-luvun arcade-pelejä. Visuaalinen tyyli on yhdistetty äänimaailmaan, joka tukee pelin retrohenkistä lähestymistapaa. Stratogun ei sisällä tarinallista etenemistä, vaan sen rakenne perustuu toistuviin pelikierroksiin, joissa tavoitteena on päästä mahdollisimman pitkälle ja kerätä korkea pistemäärä.
