The Pegasus Expedition sijoittuu kriittiseen hetkeen ihmiskunnan selviytymisen kannalta. Tarina vie pelaajat Pegasus-galaksiin, jonne ihmiskunta lähettää laivaston etsimään suojaa Maan väestölle. Pian huomataan, että laivaston tehtävä muuttuu tutkimuksesta hallinnointiin, valloitukseen ja lopulta selviytymistaisteluun. Koko peli on suunniteltu tarjoamaan haastavaa tarinavetoista kokemusta, jossa jokainen päätös on merkityksellinen ja jättää jälkensä galaksiin. Kampanja pitää sisällään monia hahmoja, sivutehtäviä sekä käänteitä, jotka pitävät pelaajan varpaillaan pelin loppuun saakka.
Pelaajat ottavat Zeus Link -laivaston johtajan roolin ja tekevät kriittiset päätökset yhdessä neuvostonsa kanssa, joka koostuu läheisistä alaisista ja neuvonantajista. He auttavat pelaajaa navigoimaan läpi monimutkaisten kriisien ja tapahtumien, jotka vaativat ratkaisua tavalla tai toisella. Pelaajan tulee myös hallita rajallisia inhimillisiä resurssejaan tarkasti, sillä oikean henkilön valitseminen oikeaan tehtävään voi usein ratkaista pelin lopputuloksen.
Pelin alussa komennossasi on vain kokenut, mutta ohut tutkimuslaivasto ja talouden kehittäminen on ensisijaisen tärkeää. Aluksi saat vain rajallisen määrän resursseja kotiplaneetalta, joten on elintärkeää luoda toimiva talousjärjestelmä mahdollisimman nopeasti. Laivaston ja sen johtajien kehittäminen on myös olennaisen tärkeää ja oikeiden amiraalien, kuvernöörien ja erikoisjoukkojen operatiivien valitseminen voi auttaa viemään sinut voittoon.
Peli pohjautuu suurstrategiapelien perinteeseen, mutta lisää vahvan narratiivisen ulottuvuuden klassiseen 4X-pelaamiseen (Tutki, Laajenna, Hyödynnä, Tuhoa). Diplomatia on yksi keskeinen osa peliä ja se sisältää monimutkaisen järjestelmän yli 30 itsenäisen fraktion kanssa. Pelaajat voivat tehdä monenlaisia sopimuksia ja käydä neuvotteluja, mutta on oltava varovaisia, sillä he ovat uusia ja epäluotettavia toimijoita tässä galaksissa.
Sodankäynti Pegasus-galaksissa on usein välttämätöntä ja pelissä korostetaan huolellista suunnittelua. On tärkeää pitää silmällä suurempaa kuvaa ja harkita tarkkaan, mitä tappioita olet valmis ottamaan vastaan menestyksen saavuttamiseksi. Teknologinen kehitys on myös keskeistä; on tehtävä suuria löytöjä ja pysyttävä teknologisesti askeleen edellä vihollisia. Koko kampanja on suunniteltu olemaan dynaaminen, mielenkiintoinen ja haastava loppuun asti, tarjoten pelaajille monia eri lähestymistapoja ja ratkaisuja erilaisiin haasteisiin.
